قسم الرقابة الداخاية ويتولى المهام الآتية :
أ- الفحص والتدقيق الشامل لأوجه نشاط الهيأة ومقارنتها مع الخطط والأهداف المحددة لها وتقديم التقارير بشأنها.
ب- مراجعة وتدقيق وفحص جميع التصرفات المالية وبما يضمن صحتها وسلامة الفحص وفق القوانين والأنظمة والتعليمات النافذة
ج- تدقيق وتثبيت جميع المعاملات في السجلات الرئيسية والفرعية وحسب النظام المحاسبي الموحد
د- الإسهام في إعداد الحسابات الختامية للهيأة وتدقيق الموازنة التخطيطية.
هـ- تدقيق موازين المراجعة الشهرية ومتابعة إعدادها في المواعيد المحددة ومتابعة تصفية الأرصدة الموقوفة و الشاذة والمدينة والدائنة وتقديم التقارير في شأنها.
و- تدقيق مطابقة الحسابات الجارية للمصارف والجهات الأخرى ومتابعة تصفية الموقوفات فيها .
ز- متابعة إعمال لجان الجرد في الهيأة وتدقيق مطابقة ناتج الجرد مع السجلات الخاصة بالموجودات والسجلات المالية
ح- التنسيق والتعاون مع هيئات الرقابة المالية في تدقيق نشاط وحسابات الهيأة وإعداد الإجابات عن ملاحظات ديوان الرقابة المالية الاتحادي بالتنسيق مع الأقسام المعنية.
ط- مراجعة وتدقيق العقود قبل وبعد إبرامها مع الغير .
ويمارس القسم مهامه من خلال الشعب الآتية:
أ - التدقيق الداخلي
ب- تدقيق العقود